Učinkovit zdravstveni sistem postaja merilo za dobro upravljanje družbe. Računsko sodišče je 2011 kot neuspešno ocenilo Ministrstvo za zdravje pri doseganju ciljev nadzora v zdravstvu.
Ministrstvo doslej ni pripravilo celovitega plana zdravstvenega varstva Republike Slovenije, čeprav ga k temu zavezuje Zakon o zdravstvenem varstvu in zdravstvenem zavarovanju. Finančni načrt ministrstva v delu, ki se nanaša na upravni nadzor, strokovni nadzor v dejavnosti zdravstva in inšpekcijski nadzor ni ustrezno oblikovan, saj je struktura podprograma preobširna, preveč raznovrstna ter zato nepregledna. Nadzorne naloge po vsebini in vrsti niso razvidne in so preveč razpršene, zanje tudi niso bili oblikovani jasni razvojni cilji in tudi ne pokazatelji za spremljanje doseganj teh ciljev.